Chương trình đào tạo tiến sĩ chuyên ngành Phật học có mục tiêu chung là đào tạo các nhà khoa học ở trình độ tiến sĩ am tường Phật học, tinh thông Phật pháp; có khả năng phát hiện và giải quyết các vấn đề của Phật giáo Việt Nam và thế giới, của Phật giáo với xã hội và nhân sinh; có năng lực và các phẩm chất cần thiết để hoạt động có hiệu quả, với tư cách là chuyên gia, trong các lĩnh vực có liên quan đến Phật giáo, góp phần xây dựng và bảo vệ nước Việt Nam dân giàu, nước mạnh, dân chủ, công bằng và văn minh.